...Wenn der Verdacht aufkommt, dass Deutschland nur eine Ettape ist wird man ablehnen und an die zuständige Botschaft verweisen...

Nein, denn es handelt sich um ein Visum für einen Verkehrsraum (Staatengruppe), nicht für ein einzelnes Land. Deutschland hat durchaus die Möglichkeit, ein Visum NUR für Deutschland auszustellen (und tut das ja auch z.B. beim "Heiratsvisum). Falls also auf diese eingeschränkte Möglichkeit verzichtet wird, dann müssen auch die damit möglichen Resultate hingenommen werden.
Das wäre etwa so, als wenn eine Person mit einem Personalausweis, der in Berlin ausgestellt wurde, in München Probleme bekommen könnte (schlechtes Beispiel, ich weiß...).

Mir sind in der Tat mehrere Fälle bekannt, in denen eine Person das Land, das das Visum ausgestellt hat, gar nicht erst betreten hat, sondern sich ausschließlich, und zwar völlig problemlos, in einem anderen Schengen-Land aufgehalten hat.